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良种繁育体系是生猪生产的重要基础，是推进养猪业持续健康高效发展的重要保障。近年来，重庆以建设国家现代畜牧业示范区为契机，通过“种猪生产系统+技术支撑系统+监督管理系统”的“三合一”有机融合，协力打造现代生猪良种繁育体系，取得显著成效。截至目前，建成了国家级生猪核心育种场2个、部级种猪性能测定站1个、外种猪原种场5个、地方猪资源场5个、祖代场34个、种公猪站点50个，除满足市内需求外，年向外提供优良种猪4万头、仔猪200万余头，初步建成了生猪良种供种高地。
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