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水灾不仅使畜禽栏舍浸水或损毁，草场破坏，给畜禽的生产管理造成很大的困难；另外，由于水灾后各类病原微生物和媒介昆虫的繁衍滋生，畜禽感染发病及发生疫情可能性增大；饲料在高湿、高温的情况下，极易发生霉变。为尽快恢复生产，减少损失，水灾后畜禽生产管理应注意以下几点：
畜禽养殖环境的消毒处理
畜禽舍周围环境的消毒清除畜禽舍周围溺死动物尸体及污染物；尽力清除雨水沟、污水沟系统，保持排水畅通。对畜禽舍周围环境在清扫后全面消毒，选用消毒液（2％的烧碱水、百毒杀、菌毒敌、农乐等）喷雾或生石灰（或15%～20%石灰水）撒布，消毒范围包括畜禽舍周围5米内的地面及畜禽舍外墙面。清扫后的粪便及污物、杂物等进行堆积发酵法消毒，使用塑料薄膜将粪堆严密覆盖效果更好。
畜禽舍的清理消毒及时检修维护栏舍及水管电线等设施设备，清除畜禽舍内动物尸体、污泥、粪料及杂物，地面和水泥墙面进行冲洗，开展地面、墙面和舍内空间全方位消毒；地面及墙面可用2%的烧碱水、20％的漂白粉等消毒，舍内空间可用3%的来苏儿或0.02％的过氧乙酸消毒。畜禽舍经连续几次消毒后，加强通风换气，待舍内清洁干燥后方可转入畜禽。
动物尸体的无害化处理采取焚烧或深埋方法对病死或溺死畜禽尸体开展无害化处理。其方法为：选择远离养殖场、村庄及水源的地方挖深2米以上的深坑，坑底铺生石灰，将动物的尸体及其污染物放入坑内，浇洒柴油或汽油进行焚烧，焚烧完毕撒上生石灰或喷洒消毒药水，再覆以厚土压实，并做好标记。
畜禽疾病防控措施
水灾后极易发生各类疫情，加强灾后畜禽的疫病监控，特别是怀疑有炭疽、口蹄疫等烈性动物传染病时，应立即上报，并对疫区或疫点进行封锁、隔离和消毒。对当地曾发生过的疫情和目前流行的疫情要密切监控，并可提前做好相关疫苗补（复）免。对动物出现的腹泻、霉变饲料中毒、瘤胃酸中毒等疾病加强预防并对症处理。水灾后易诱发畜禽寄生虫病，定期对灾区畜禽寄生虫病开展检测，在饲料中添加左旋咪唑、伊维菌素等驱虫药物驱除体内寄生虫。
水灾后不宜立即补栏，在为补栏做准备的同时，要观察了解本场及周围畜禽养殖的健康状况一切正常后，方可考虑引种补栏。
畜禽的饲养管理措施
畜禽饮水的管理水灾后受到污染的畜禽饮水器、水槽、食槽等需通过清洗、消毒后方可再次使用。被洪水污染的井水或江河天然水不能直接使用。应先使用明矾等对其进行沉淀处理，再用消毒剂如漂白粉、百毒杀等进行消毒，或通过煮沸的方法直接进行杀菌消毒后方可饮用。禁止在洪水淹没的草地上放牧牛羊。
饲料的管理因水灾造成的霉变饲料不能直接饲喂畜禽，以防霉菌毒素中毒。对结块或轻微霉变的饲料经脱毒处理后可少量搭配饲喂。常用的脱毒包括蒸煮去毒（将发霉饲料煮沸30分钟或蒸煮1小时，用清水洗净）、烘干或日晒后，加脱霉剂（每吨配合饲料中加入0.5公斤的克霉净）处理后饲喂。
畜禽养护管理加强畜禽舍的通风换气，定期杀蚊灭蝇及灭鼠，保持畜舍干燥卫生，并注意防暑降温。对于舍饲的牛羊青、精、粗饲料搭配合理，日粮组成尽量多样化，营养全面。适当增喂一些复合多维）、电解质、微生态制剂及免疫增强剂（如黄芪多糖）等，以增强机体的抗应激能力和抵抗力。
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