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H7N9禽流感疫情发生后，农业部高度重视，各地畜牧兽医部门按照农业部《动物H7N9禽流感紧急监测方案》，积极开展H7N9禽流感病毒监测和疫情排查工作。截至目前，只在活禽交易市场的样品和野鸽样品中分离到H7N9禽流感病毒，在畜禽养殖场、野鸟栖息地和屠宰场采集的样品中均未分离到H7N9禽流感病毒，各地家禽养殖场排查未见异常情况。
据统计，各省和国家禽流感参考实验室共采集样品84444份，样品覆盖了全国473个活禽经营市场、32个家禽屠宰场、896个家禽养殖场户、79个野生禽类栖息地、36个生猪屠宰场和137个环境采样点。目前已完成了47801个样品的检测，共发现39份样品为H7N9禽流感病毒阳性，其中38份来自上海、安徽、浙江和江苏4省市的9个活禽经营市场的家禽和环境样品，1份来自江苏南京市的野鸽样品。其余47762份样品均为阴性。
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